Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 HMCN2-204ENST00000611173 1920 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIG1P18858 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 C1QTNF1-202ENST00000339142 3100 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 ADAM10-205ENST00000461408 1932 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 GLUD1-201ENST00000277865 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 KIFC2-201ENST00000301332 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIG1P18858 GRB7-201ENST00000309156 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 TBC1D30-203ENST00000539867 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 CHST8-201ENST00000262622 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 AC018695.7-201ENST00000624587 2492 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 PEX10-201ENST00000288774 2871 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 LMF1-201ENST00000262301 2621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIG1P18858 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIG1P18858 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIG1P18858 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
LIG1P18858 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIG1P18858 KCNB1-203ENST00000635465 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIG1P18858 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIG1P18858 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIG1P18858 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIG1P18858 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIG1P18858 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIG1P18858 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIG1P18858 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIG1P18858 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIG1P18858 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIG1P18858 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIG1P18858 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
LIG1P18858 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIG1P18858 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
LIG1P18858 ANTXRL-206ENST00000622632 1964 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIG1P18858 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIG1P18858 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIG1P18858 SLC41A3-203ENST00000360370 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIG1P18858 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIG1P18858 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIG1P18858 SQLE-201ENST00000265896 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIG1P18858 ADRB1-201ENST00000369295 2853 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIG1P18858 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIG1P18858 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIG1P18858 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIG1P18858 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIG1P18858 SYNC-202ENST00000409190 3398 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIG1P18858 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIG1P18858 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIG1P18858 PFKP-202ENST00000381075 2769 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIG1P18858 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIG1P18858 FLJ38576-201ENST00000623820 2459 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
LIG1P18858 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIG1P18858 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIG1P18858 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIG1P18858 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIG1P18858 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIG1P18858 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
LIG1P18858 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
LIG1P18858 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms