Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 ADIRF-201ENST00000372013 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 IQSEC2-204ENST00000485377 835 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 CCDC85C-204ENST00000555822 930 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 LINC01225-203ENST00000563550 1244 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 AC026150.2-201ENST00000564693 1156 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 AC116407.2-201ENST00000613639 860 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 FKBP4-208ENST00000630279 156 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 C2orf27A-205ENST00000624391 1335 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 AL139398.1-201ENST00000638795 1529 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 NME2P1-201ENST00000426182 414 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 ATG10-207ENST00000513443 978 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 DCUN1D5-209ENST00000531543 1030 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 CD4-210ENST00000541982 1187 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 ZNF606-202ENST00000546715 636 ntTSL 4 BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 SPDYE22P-201ENST00000582158 798 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 MIR6752-201ENST00000618442 71 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 AC025048.6-201ENST00000634326 1161 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 AC084121.4-201ENST00000641598 221 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 AF228730.8-201ENST00000642140 221 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 IGLL5-203ENST00000532223 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 LDOC1-201ENST00000370526 1381 ntAPPRIS P1 BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 MDM2-209ENST00000393412 1404 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 COMMD5-202ENST00000402718 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 ERCC1-201ENST00000013807 1278 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 LINC01089-211ENST00000543334 1282 ntTSL 4 BASIC19.12■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC19.12■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 CORO1A-208ENST00000565497 1348 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 TAS2R41-201ENST00000408916 924 ntAPPRIS P1 BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 IGHV3-42-201ENST00000520410 361 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 LACTB2-203ENST00000522447 1034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 AL596325.1-201ENST00000563991 1082 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 SNHG15-207ENST00000582727 1039 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 RABEPK-206ENST00000628863 1537 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 AZI2-205ENST00000420543 1366 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL6A1P12109 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.2 ms