Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CUX1P39880 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CUX1P39880 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CUX1P39880 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CUX1P39880 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CUX1P39880 NDUFAF3-203ENST00000395458 808 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CUX1P39880 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CUX1P39880 INGX-202ENST00000489074 768 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
CUX1P39880 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CUX1P39880 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CUX1P39880 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CUX1P39880 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CUX1P39880 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CUX1P39880 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CUX1P39880 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CUX1P39880 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CUX1P39880 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CUX1P39880 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CUX1P39880 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CUX1P39880 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CUX1P39880 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CUX1P39880 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC28.95■■■□□ 2.23
CUX1P39880 Z97056.1-201ENST00000433230 556 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.23
CUX1P39880 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC28.95■■■□□ 2.23
CUX1P39880 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC28.95■■■□□ 2.23
CUX1P39880 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.23
CUX1P39880 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
CUX1P39880 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
CUX1P39880 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
CUX1P39880 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.23
CUX1P39880 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
CUX1P39880 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
CUX1P39880 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
CUX1P39880 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
CUX1P39880 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
CUX1P39880 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
CUX1P39880 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
CUX1P39880 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
CUX1P39880 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
CUX1P39880 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CUX1P39880 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CUX1P39880 MAPK15-202ENST00000395107 834 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CUX1P39880 CYB5A-203ENST00000397914 619 ntTSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CUX1P39880 AC007405.3-202ENST00000426475 660 ntTSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CUX1P39880 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CUX1P39880 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CUX1P39880 BORCS8-203ENST00000477565 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CUX1P39880 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CUX1P39880 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CUX1P39880 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CUX1P39880 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CUX1P39880 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CUX1P39880 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CUX1P39880 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CUX1P39880 GAPDHP21-201ENST00000450301 1010 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
CUX1P39880 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CUX1P39880 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
CUX1P39880 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CUX1P39880 SSH2-211ENST00000590153 570 ntTSL 4 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CUX1P39880 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CUX1P39880 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CUX1P39880 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CUX1P39880 WDR74-206ENST00000529106 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CUX1P39880 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CUX1P39880 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CUX1P39880 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CUX1P39880 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CUX1P39880 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CUX1P39880 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CUX1P39880 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CUX1P39880 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC28.93■■■□□ 2.22
CUX1P39880 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CUX1P39880 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CUX1P39880 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CUX1P39880 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CUX1P39880 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CUX1P39880 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CUX1P39880 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CUX1P39880 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
CUX1P39880 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CUX1P39880 CKLF-203ENST00000351137 508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CUX1P39880 ARRB2-203ENST00000381488 1236 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CUX1P39880 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CUX1P39880 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
CUX1P39880 IER3IP1-202ENST00000639845 832 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CUX1P39880 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CUX1P39880 COQ6-220ENST00000629426 1538 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CUX1P39880 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CUX1P39880 FANCA-203ENST00000389302 1641 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CUX1P39880 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CUX1P39880 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CUX1P39880 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CUX1P39880 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CUX1P39880 MRPL53-201ENST00000258105 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CUX1P39880 C1orf43-203ENST00000368516 872 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
CUX1P39880 AP005018.1-201ENST00000525475 301 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
CUX1P39880 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CUX1P39880 ZNF606-202ENST00000546715 636 ntTSL 4 BASIC28.91■■■□□ 2.22
CUX1P39880 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC28.91■■■□□ 2.22
CUX1P39880 AC067852.1-201ENST00000585572 594 ntTSL 4 BASIC28.91■■■□□ 2.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms