Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 PUDP-206ENST00000540122 825 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 NDUFA4L2-202ENST00000554503 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 MAPK15-202ENST00000395107 834 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 PPP6R2P1-201ENST00000450880 1275 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 PRR15-201ENST00000319694 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 C10orf35-201ENST00000373279 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 FANCA-203ENST00000389302 1641 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 BLCAP-202ENST00000397131 633 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 BLCAP-203ENST00000397134 566 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 OARD1-208ENST00000469104 704 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 OARD1-216ENST00000628419 1188 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 WTAP-205ENST00000614346 1623 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 BORCS8-203ENST00000477565 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 GPX3-210ENST00000622181 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 ATP6V0E1-203ENST00000519374 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 WDR74-206ENST00000529106 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 AC007405.3-202ENST00000426475 660 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 PTPRVP-202ENST00000490575 953 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 AL583722.3-202ENST00000554954 486 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 MIR3909-201ENST00000579518 119 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 AC067852.1-201ENST00000585572 594 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 CGB7-202ENST00000596965 1949 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 LINC01657-201ENST00000457217 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL18A1P39060 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.9 ms