Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
SMARCAL1Q9NZC9 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.5 ms