Protein–RNA interactions for Protein: P49754

VPS41, Vacuolar protein sorting-associated protein 41 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 854 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS41P49754 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS41P49754 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS41P49754 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS41P49754 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS41P49754 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS41P49754 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS41P49754 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS41P49754 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS41P49754 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
VPS41P49754 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS41P49754 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS41P49754 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS41P49754 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS41P49754 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS41P49754 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS41P49754 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS41P49754 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS41P49754 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS41P49754 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS41P49754 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS41P49754 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS41P49754 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS41P49754 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS41P49754 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS41P49754 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS41P49754 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS41P49754 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS41P49754 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS41P49754 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS41P49754 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS41P49754 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS41P49754 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS41P49754 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS41P49754 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS41P49754 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS41P49754 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS41P49754 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS41P49754 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS41P49754 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS41P49754 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS41P49754 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS41P49754 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS41P49754 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS41P49754 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS41P49754 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS41P49754 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS41P49754 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS41P49754 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS41P49754 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS41P49754 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS41P49754 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS41P49754 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS41P49754 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS41P49754 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS41P49754 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS41P49754 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS41P49754 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS41P49754 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS41P49754 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS41P49754 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS41P49754 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS41P49754 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS41P49754 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS41P49754 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS41P49754 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS41P49754 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS41P49754 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS41P49754 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS41P49754 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS41P49754 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS41P49754 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS41P49754 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS41P49754 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS41P49754 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
VPS41P49754 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS41P49754 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS41P49754 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS41P49754 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS41P49754 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS41P49754 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS41P49754 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS41P49754 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS41P49754 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS41P49754 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS41P49754 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS41P49754 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS41P49754 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS41P49754 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS41P49754 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS41P49754 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS41P49754 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS41P49754 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS41P49754 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS41P49754 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS41P49754 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS41P49754 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS41P49754 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS41P49754 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS41P49754 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS41P49754 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.5 ms