Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 WDR25-202ENST00000402312 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 PKD1P1-201ENST00000458669 6805 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS28Q9UK41 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms