Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 AC105339.1-201ENST00000440089 1362 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 KRT85-202ENST00000544265 1387 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 AC120057.1-201ENST00000483947 663 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 LINC02387-201ENST00000541749 868 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 AC138304.1-201ENST00000563841 424 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 AC093512.1-201ENST00000617969 520 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 AC018685.2-201ENST00000414065 547 ntTSL 4 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 BCRP1-201ENST00000444246 691 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31 ms