Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 NR1H3-202ENST00000405576 1352 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 TCTN1-229ENST00000614115 1965 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 FOLH1-201ENST00000256999 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 MCM7-203ENST00000354230 2975 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 RAVER2-202ENST00000371072 4362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 LEF1-201ENST00000265165 3068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 SLC35F3-202ENST00000366618 2891 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 PRR18-201ENST00000322583 3084 ntAPPRIS P2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 PRCC-201ENST00000271526 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 JKAMP-202ENST00000356057 2524 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 SUZ12-204ENST00000580398 3977 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 LINC00094-205ENST00000603928 5722 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.8 ms