Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 DTX2-201ENST00000324432 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 PRDM5-203ENST00000428209 2338 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 CACNA1B-205ENST00000371363 9758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIG1P18858 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 SEPHS2-201ENST00000478753 2551 ntAPPRIS P1 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 LRP8-207ENST00000465675 2670 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 AC116407.2-201ENST00000613639 860 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 CNTRL-208ENST00000373865 1917 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 NRXN2-202ENST00000301894 3535 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIG1P18858 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 DYNC1I1-212ENST00000630942 2249 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 RALGAPA1-219ENST00000637992 8512 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 AIDA-201ENST00000340020 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 RTN1-201ENST00000267484 3435 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIG1P18858 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 PRPF31-203ENST00000419967 2269 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 ARHGAP33-201ENST00000007510 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 DPP6-202ENST00000377770 3710 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 SLC22A11-203ENST00000377585 2124 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 RNF169-201ENST00000299563 7823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 AL365277.1-202ENST00000331856 2241 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIG1P18858 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms