Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC005104.2-201ENST00000427818 678 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 MIR1199-201ENST00000621445 119 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC073592.4-201ENST00000623827 446 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 ACSL4-201ENST00000340800 5333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 PLEKHG4-205ENST00000450733 4480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 NID1-202ENST00000366595 5412 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 TJP1-201ENST00000346128 7950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 DHDH-201ENST00000221403 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms