Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 SLC2A14-202ENST00000396589 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 CYP2U1-202ENST00000508453 3125 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 KCNQ1-201ENST00000155840 3245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 NCOA5-201ENST00000290231 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 PACSIN2-205ENST00000407585 3080 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 NKILA-202ENST00000614771 2598 ntBASIC18.02■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 TOM1L1-221ENST00000575882 2507 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 IFT74-203ENST00000433700 2119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA1Q96BD8 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms