Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 ZBTB7C-201ENST00000535628 4818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 LMF1-201ENST00000262301 2621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 NCAPD2-201ENST00000315579 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 SRSF12-201ENST00000452027 3599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 MPIG6B-204ENST00000375809 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 CPXM1-201ENST00000380605 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 CFL1-203ENST00000525451 1878 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 LZTS3-202ENST00000337576 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 AMMECR1-201ENST00000262844 5504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 C7orf31-201ENST00000283905 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 PEX10-201ENST00000288774 2871 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 PIGP-207ENST00000464265 3437 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 TLE2-204ENST00000455444 2253 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 ZBTB7C-221ENST00000590800 4947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 PLPPR4-202ENST00000370185 5369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC39Q9UFE4 AL138688.1-201ENST00000624851 1594 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.8 ms