Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 TCAF2-203ENST00000425618 2448 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 PGRMC2-207ENST00000520121 3785 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 RAB8A-201ENST00000300935 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 MST1L-201ENST00000442552 2185 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC046158.3-201ENST00000624947 2558 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 LINC01105-206ENST00000456327 1434 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
SKA3Q8IX90 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 MAGI1-213ENST00000483466 4791 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 CHRNB2-201ENST00000368476 5867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 CADM3-201ENST00000368124 2546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 PKD1P5-201ENST00000532415 10291 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 TRA2A-202ENST00000392502 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms