Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 SUZ12-204ENST00000580398 3977 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 LINC00683-201ENST00000578803 2221 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 INPP5J-207ENST00000405300 2515 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 AL138828.1-202ENST00000576956 1881 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 UBR5-207ENST00000520539 10297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 DCAF8-218ENST00000610139 1607 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 AC007364.1-201ENST00000449714 1022 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC15.08■□□□□ 0
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