Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 AC011676.5-201ENST00000624864 2660 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 RAB8A-201ENST00000300935 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 SLC2A5-201ENST00000377414 2344 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 ARID5A-203ENST00000454558 3079 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
SDC1P18827 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 PACSIN2-205ENST00000407585 3080 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 TPBG-203ENST00000543496 2881 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 RIC8B-203ENST00000392839 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 MMEL1-201ENST00000378412 2849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 SH2B1-216ENST00000618521 2935 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 MAP7-203ENST00000438100 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
SDC1P18827 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 GHDC-202ENST00000414034 2496 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 RNF121-203ENST00000393713 2132 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 TAPBP-233ENST00000426633 1888 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 IFT74-203ENST00000433700 2119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AC132872.2-201ENST00000581303 2368 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 SREK1-216ENST00000612404 2128 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 CCDC154-202ENST00000409671 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
SDC1P18827 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AC084018.2-201ENST00000613093 2607 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AC060834.1-201ENST00000443027 2032 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 CPT2-210ENST00000637252 2739 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 TBX18-202ENST00000369663 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms