Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 PHF12-205ENST00000577226 7679 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.2 ms