Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 CLN6-202ENST00000538696 1343 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 UBXN1-201ENST00000294119 1291 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 SIVA1-202ENST00000347067 550 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 FAM221A-202ENST00000409192 888 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 PNKD-204ENST00000436005 978 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 WDR25-203ENST00000542471 1214 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 AC138761.1-201ENST00000584393 385 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 ACTL9-202ENST00000612068 1252 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 LINC00683-201ENST00000578803 2221 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 IFT20-202ENST00000357896 974 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 FOLR3-201ENST00000442948 805 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 RAB3D-202ENST00000589655 924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 AMHR2-202ENST00000379791 1437 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 HIST1H3D-201ENST00000356476 411 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 LINC01264-201ENST00000431395 500 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 AC025678.2-201ENST00000562061 970 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 PGLYRP1-201ENST00000008938 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 CBR1-202ENST00000399191 838 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 AL022341.1-201ENST00000455294 389 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 LINC01336-202ENST00000506086 479 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 AC004771.3-201ENST00000574260 551 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 MIR4745-201ENST00000577608 62 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 TBX18-206ENST00000606784 1230 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 PAAF1-205ENST00000535604 1695 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms