Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 PRKAG2-AS1-202ENST00000467458 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 AL135744.1-201ENST00000565098 629 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 FO538757.1-201ENST00000623083 1397 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 LRRC37A5P-201ENST00000374304 1103 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 AC007274.1-201ENST00000439805 662 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 COX11-202ENST00000571584 1108 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 NME1-NME2-202ENST00000393193 1021 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 AC073283.1-201ENST00000421759 860 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 SLC25A39P2-201ENST00000537614 270 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 INO80E-210ENST00000567705 880 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 ZNF667-AS1-202ENST00000586091 678 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 MOB3A-209ENST00000592280 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 CCDC189-204ENST00000541260 1531 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 DUOXA1-202ENST00000430224 1317 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 C2orf27A-205ENST00000624391 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 TREML5P-201ENST00000421694 576 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC23.65■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 AC095060.1-201ENST00000502455 549 ntTSL 4 BASIC23.65■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 AP005018.1-201ENST00000525475 301 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 EEF1AKMT3-204ENST00000551420 836 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC23.65■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 AL390754.1-201ENST00000619088 582 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
NPHP3Q7Z494 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.2 ms