Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
CUX1P39880 AC006974.1-201ENST00000637928 1501 ntTSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
CUX1P39880 ANXA8-203ENST00000583874 1860 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
CUX1P39880 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
CUX1P39880 TPGS2-220ENST00000610723 1426 ntTSL 3 BASIC29.18■■■□□ 2.26
CUX1P39880 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
CUX1P39880 PDGFA-201ENST00000354513 1308 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
CUX1P39880 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC29.18■■■□□ 2.26
CUX1P39880 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
CUX1P39880 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
CUX1P39880 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
CUX1P39880 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
CUX1P39880 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
CUX1P39880 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
CUX1P39880 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
CUX1P39880 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CUX1P39880 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CUX1P39880 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CUX1P39880 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
CUX1P39880 ZC3H12D-202ENST00000409948 753 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CUX1P39880 AC002472.2-201ENST00000442739 958 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
CUX1P39880 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CUX1P39880 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CUX1P39880 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CUX1P39880 CBR3-AS1-216ENST00000624883 564 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CUX1P39880 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CUX1P39880 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CUX1P39880 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CUX1P39880 AC099508.1-201ENST00000499110 1666 ntTSL 4 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CUX1P39880 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CUX1P39880 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
CUX1P39880 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CUX1P39880 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CUX1P39880 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
CUX1P39880 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CUX1P39880 AC091053.1-201ENST00000529883 744 ntTSL 3 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CUX1P39880 MTX1-207ENST00000609421 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CUX1P39880 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CUX1P39880 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CUX1P39880 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CUX1P39880 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CUX1P39880 CRYM-AS1-201ENST00000338573 1661 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CUX1P39880 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CUX1P39880 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CUX1P39880 RAB37-208ENST00000402449 1560 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CUX1P39880 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CUX1P39880 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CUX1P39880 ELP5-201ENST00000354429 1304 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CUX1P39880 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CUX1P39880 GSAP-205ENST00000430584 600 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CUX1P39880 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CUX1P39880 LINC02387-201ENST00000541749 868 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CUX1P39880 AC099482.1-201ENST00000563471 481 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CUX1P39880 AC012645.4-201ENST00000610691 1061 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
CUX1P39880 AL035252.4-201ENST00000624174 288 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
CUX1P39880 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CUX1P39880 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CUX1P39880 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CUX1P39880 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CUX1P39880 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CUX1P39880 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CUX1P39880 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CUX1P39880 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CUX1P39880 POP5-202ENST00000357500 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CUX1P39880 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
CUX1P39880 POLD4-211ENST00000539074 714 ntTSL 3 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CUX1P39880 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CUX1P39880 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
CUX1P39880 LCN8-205ENST00000612714 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CUX1P39880 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CUX1P39880 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CUX1P39880 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CUX1P39880 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CUX1P39880 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CUX1P39880 MUC1-201ENST00000337604 859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
CUX1P39880 BLZF1-202ENST00000367807 1295 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
CUX1P39880 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
CUX1P39880 FAM221A-202ENST00000409192 888 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
CUX1P39880 CAPG-205ENST00000409921 1195 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
CUX1P39880 C3orf14-202ENST00000462069 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
CUX1P39880 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC29.14■■■□□ 2.25
CUX1P39880 AC106795.3-201ENST00000511650 547 ntTSL 4 BASIC29.14■■■□□ 2.25
CUX1P39880 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
CUX1P39880 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC29.14■■■□□ 2.25
CUX1P39880 AC092070.4-201ENST00000599803 507 ntTSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.25
CUX1P39880 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
CUX1P39880 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CUX1P39880 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CUX1P39880 TCEAL3-203ENST00000372628 1221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
CUX1P39880 GUK1-210ENST00000391865 990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CUX1P39880 TFAMP1-201ENST00000412727 736 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
CUX1P39880 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
CUX1P39880 AC139713.2-206ENST00000499587 566 ntTSL 4 BASIC29.13■■■□□ 2.25
CUX1P39880 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
CUX1P39880 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
CUX1P39880 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CUX1P39880 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CUX1P39880 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CUX1P39880 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CUX1P39880 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46 ms