Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 AC135776.2-201ENST00000567803 714 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP3Q9Y3E7 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 LINC00683-201ENST00000578803 2221 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP3Q9Y3E7 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47 ms