Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 ADORA1-204ENST00000367236 3407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 GATA6-201ENST00000269216 3770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 PCDH8P1-201ENST00000428983 2773 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 PDCD2-208ENST00000541970 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 PTEN-201ENST00000371953 9027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 TMTC2-201ENST00000321196 5681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 CHST10-201ENST00000264249 2842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 QRICH1-201ENST00000357496 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 RTN1-201ENST00000267484 3435 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 SYVN1-203ENST00000377190 3052 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 NEIL2-204ENST00000455213 2323 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 CLPTM1-203ENST00000546079 2342 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 CHRNA7-207ENST00000635884 1975 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 UCHL5-206ENST00000367455 5327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 SPRYD7-202ENST00000378195 3086 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 GDF5-201ENST00000374369 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 DOCK7-203ENST00000404627 2678 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 C12orf29-201ENST00000356891 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 SSH1-201ENST00000326470 2432 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 HNRNPUL2-BSCL2-201ENST00000403734 4001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 BAIAP2-205ENST00000435091 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.3 ms