Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 LINC00511-205ENST00000578206 908 ntTSL 3 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC140Q96MF4 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms