Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 IFNGR1-201ENST00000367739 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 AC132872.2-201ENST00000581303 2368 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 PACSIN2-205ENST00000407585 3080 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 SPAG6-203ENST00000376624 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 RIC8B-203ENST00000392839 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 AC084018.2-201ENST00000613093 2607 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 NCOA5-201ENST00000290231 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 LHX3-203ENST00000619587 2698 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 AL731569.1-201ENST00000428940 3058 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 CPT2-210ENST00000637252 2739 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 GHDC-202ENST00000414034 2496 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 H2AFV-201ENST00000222690 3804 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 RGL3-202ENST00000393423 2278 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP28Q96RU2 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.9 ms