Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 AL138688.1-201ENST00000624851 1594 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 SHBG-211ENST00000574539 938 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC13.67□□□□□ -0.22
CCDC140Q96MF4 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms