Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 OR7E47P-204ENST00000575924 449 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 LINC01972-201ENST00000422271 553 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 AC074135.2-201ENST00000600896 510 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 PCMTD1-206ENST00000521344 1712 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 DDX19B-207ENST00000563206 1765 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 AC131097.3-202ENST00000439270 331 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 LINC01666-201ENST00000623794 845 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms