Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

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Length 520 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 AC073592.4-201ENST00000623827 446 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 FDX1P1-201ENST00000449115 551 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
USP3Q9Y6I4 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
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