Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 RABL6-203ENST00000371663 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 SUZ12-204ENST00000580398 3977 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS4AQ9UN37 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 111.8 ms