Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 CGB7-202ENST00000596965 1949 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 MYL6-203ENST00000536128 1221 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC20.39■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC20.39■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC20.39■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.8 ms