Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 KIAA1324L-207ENST00000444627 3527 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AC005104.2-201ENST00000427818 678 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AC008894.3-201ENST00000624324 3103 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC15.21■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC15.21■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC15.21■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
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