Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
SHANK3Q9BYB0 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 MRPL2-201ENST00000230413 899 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC22.77■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC22.77■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC22.77■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC22.77■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AC010776.2-201ENST00000588946 1081 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC22.77■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.77■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 ITPRIPL1-205ENST00000536814 1947 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 MRPL53-201ENST00000258105 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AC087741.1-203ENST00000576824 820 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 PPP1R14A-203ENST00000587515 607 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AL390955.2-201ENST00000603032 514 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 LINC02387-201ENST00000541749 868 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 UBE2Q2L-201ENST00000558195 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 WDR53-201ENST00000332629 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 TMEM161B-AS1-202ENST00000501715 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AC136475.3-203ENST00000525217 617 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 LINC01481-203ENST00000549651 883 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 UGGT2-202ENST00000376714 1233 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 SPINK2-203ENST00000506738 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 RBM7-207ENST00000544582 692 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 UGGT2-212ENST00000621375 1004 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 UGGT2-213ENST00000638479 1010 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 IER3IP1-202ENST00000639845 832 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 PCGF2-206ENST00000618941 1499 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AC004771.3-201ENST00000574260 551 ntTSL 4 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AL035252.4-201ENST00000624174 288 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms