Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 LINC00683-201ENST00000578803 2221 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 79.6 ms