Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 CLUH-201ENST00000435359 5224 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 ANKFY1-202ENST00000570535 6458 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA4Q00056 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA4Q00056 PKD1P1-201ENST00000458669 6805 ntBASIC15.08■□□□□ 0
HOXA4Q00056 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA4Q00056 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA4Q00056 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA4Q00056 TCTN1-229ENST00000614115 1965 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA4Q00056 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA4Q00056 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA4Q00056 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA4Q00056 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA4Q00056 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA4Q00056 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA4Q00056 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC15.08■□□□□ 0
HOXA4Q00056 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC15.08■□□□□ 0
HOXA4Q00056 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA4Q00056 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA4Q00056 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA4Q00056 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA4Q00056 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA4Q00056 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
HOXA4Q00056 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.2 ms