Protein–RNA interactions for Protein: P48380

RFX3, Transcription factor RFX3, humanhuman

Predictions only

Length 749 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RFX3P48380 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
RFX3P48380 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
RFX3P48380 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
RFX3P48380 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
RFX3P48380 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
RFX3P48380 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
RFX3P48380 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
RFX3P48380 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RFX3P48380 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RFX3P48380 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RFX3P48380 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RFX3P48380 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
RFX3P48380 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RFX3P48380 PAPLN-202ENST00000340738 5834 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
RFX3P48380 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RFX3P48380 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
RFX3P48380 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RFX3P48380 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RFX3P48380 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 PRX-202ENST00000324001 4855 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 SLC8A2-201ENST00000236877 5234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 HNRNPUL2-BSCL2-201ENST00000403734 4001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
RFX3P48380 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
RFX3P48380 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.26
RFX3P48380 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC16.71■□□□□ 0.26
RFX3P48380 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
RFX3P48380 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 TPBG-201ENST00000369750 6484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 ZBTB7C-201ENST00000535628 4818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
RFX3P48380 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RFX3P48380 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
RFX3P48380 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
RFX3P48380 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
RFX3P48380 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
RFX3P48380 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RFX3P48380 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RFX3P48380 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RFX3P48380 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RFX3P48380 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RFX3P48380 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.69■□□□□ 0.26
RFX3P48380 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
RFX3P48380 ZC3H7B-201ENST00000352645 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RFX3P48380 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms