Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AC124067.2-201ENST00000521989 510 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 TOM1L2-207ENST00000535933 1748 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 TTC29-205ENST00000504425 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 BAG1-202ENST00000379704 1128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AP002414.1-201ENST00000391405 1147 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 LHX6-205ENST00000464484 666 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 DDX19B-207ENST00000563206 1765 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 GHRHR-205ENST00000409904 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AC009336.1-201ENST00000608941 1553 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 ETNK1-202ENST00000335148 1083 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 SELENOM-201ENST00000400299 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 COX20P2-201ENST00000452636 358 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 CYB561D1-209ENST00000533024 913 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AC020558.1-201ENST00000583662 425 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 TUBB4A-209ENST00000598006 565 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AC116407.2-201ENST00000613639 860 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC87Q9NVE4 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.2 ms