Protein–RNA interactions for Protein: P27658

COL8A1, Collagen alpha-1(VIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL8A1P27658 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 PRR22-202ENST00000419421 1392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 HLA-V-201ENST00000429037 534 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 LIM2-202ENST00000596399 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 AC011491.2-201ENST00000599584 447 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 AJ011932.1-201ENST00000621707 465 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 ADAMTS7-201ENST00000388820 5490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 INGX-202ENST00000489074 768 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 STMN4-207ENST00000523048 1224 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 GSTZ1-207ENST00000553586 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 SYNGR1-205ENST00000406293 564 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL8A1P27658 PMS2P4-201ENST00000412466 1052 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.3 ms