Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 AL391845.1-202ENST00000449154 437 ntTSL 3 BASIC19.53■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC19.53■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 FXYD6-209ENST00000530956 579 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 AC104971.3-201ENST00000589794 335 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 AQP12B-206ENST00000621682 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 AP002414.1-201ENST00000391405 1147 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 RNA5SP421-201ENST00000516864 134 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
COL6A1P12109 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 METTL26-204ENST00000397665 558 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AC099482.1-201ENST00000563471 481 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 TUBB4A-209ENST00000598006 565 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 GRIFIN-202ENST00000614228 461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 DDX19B-207ENST00000563206 1765 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 PAAF1-205ENST00000535604 1695 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 ARRB2-203ENST00000381488 1236 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AL022068.1-202ENST00000432171 794 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 SNHG17-206ENST00000436764 973 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 SLBP-205ENST00000488267 987 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AC010776.2-201ENST00000588946 1081 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 TBX18-206ENST00000606784 1230 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms