Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC13.79□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC13.79□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC13.79□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC13.79□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 LMNA-208ENST00000448611 1943 ntTSL 2 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 LINC01105-206ENST00000456327 1434 ntTSL 5 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.2
CCDC140Q96MF4 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 CGB7-202ENST00000596965 1949 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.77□□□□□ -0.21
CCDC140Q96MF4 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.77□□□□□ -0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms