Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ADAMTS17-201ENST00000268070 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.3 ms