Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AC131097.3-202ENST00000439270 331 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AC004790.2-201ENST00000623588 572 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 LINC01666-201ENST00000623794 845 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 ANAPC11-211ENST00000575195 1361 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 METTL26-201ENST00000301686 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 METTL26-205ENST00000397666 726 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 DDIT4-AS1-201ENST00000491934 847 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 KRT85-202ENST00000544265 1387 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 ITM2B-201ENST00000378549 805 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 PRSS29P-201ENST00000440800 595 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AC130456.4-201ENST00000568635 665 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AC116407.2-201ENST00000613639 860 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AL805961.1-202ENST00000641562 540 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AC009336.1-201ENST00000608941 1553 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 ZNF593-201ENST00000270812 698 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 PIGBOS1-201ENST00000436697 866 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 DHRS4-205ENST00000558263 1089 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 DHRS4L2-207ENST00000558753 556 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC23.45■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC23.45■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.2 ms