Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6R9

CCDC61, Coiled-coil domain-containing protein 61, humanhuman

Predictions only

Length 512 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC61Q9Y6R9 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 AC131097.3-202ENST00000439270 331 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 PRSS29P-201ENST00000440800 595 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 RPS15P9-201ENST00000494093 319 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 KRT85-202ENST00000544265 1387 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 DBI-201ENST00000311521 714 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 MRVI1-AS1-203ENST00000529979 784 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC61Q9Y6R9 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms