Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 HIBCH-201ENST00000359678 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 RHOF-201ENST00000267205 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 SLC47A1-209ENST00000575023 2224 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIMA1Q9UHB6 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 MAP7-203ENST00000438100 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 LRPPRC-203ENST00000409946 1848 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 IFNGR1-201ENST00000367739 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 HNF1B-202ENST00000614313 1819 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 HNF1B-203ENST00000617272 1820 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 RBCK1-202ENST00000356286 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 NKILA-202ENST00000614771 2598 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 MMEL1-201ENST00000378412 2849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIMA1Q9UHB6 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.4 ms