Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 GSTZ1-207ENST00000553586 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.7 ms