Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 WDR81-204ENST00000419248 3315 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 PLEKHA8-205ENST00000449726 7835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SLC4A3-201ENST00000273063 4246 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 TBC1D10B-201ENST00000409939 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 NTRK2-205ENST00000376208 8178 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 TUBA1C-201ENST00000301072 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 RXRB-201ENST00000374680 2908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 PEX10-201ENST00000288774 2871 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 MYEOV-203ENST00000535407 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 LZTS1-201ENST00000265801 5459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 CCT6A-201ENST00000275603 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 JPH4-202ENST00000397118 4386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 RUNX2-204ENST00000371438 5698 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 WSCD1-210ENST00000574946 5884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SPOCK2-202ENST00000373109 5445 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 COG5-203ENST00000393603 5418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 EVC2-202ENST00000344408 4390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 MGAT2-201ENST00000305386 2687 ntAPPRIS P1 BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SURF4-209ENST00000618229 3200 ntTSL 2 BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 CHSY3-201ENST00000305031 3850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 VANGL2-201ENST00000368061 5340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 NR4A3-204ENST00000618101 5706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 PHLDB1-202ENST00000361417 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 RAP2C-201ENST00000342983 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ZCCHC18-203ENST00000537356 2907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.9 ms