Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 LINC01215-201ENST00000607746 2592 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 NEO1-202ENST00000339362 7342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 EFCAB14-201ENST00000371933 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ATXN2-201ENST00000377617 4702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SLC9A1-203ENST00000374086 2183 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.7 ms