Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 SHBG-211ENST00000574539 938 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 PRSS21-202ENST00000450020 1106 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC015712.1-203ENST00000559331 593 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC011840.1-202ENST00000436477 1351 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 PITPNA-AS1-201ENST00000425081 542 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 MYL6-203ENST00000536128 1221 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC012615.5-201ENST00000592720 581 ntTSL 4 BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC17.27■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms