Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 KBTBD11-201ENST00000320248 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC18.39■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC18.39■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.3 ms