Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 PIH1D1-201ENST00000262265 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms