Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 AC025259.3-201ENST00000564531 542 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HOXC9P31274 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC23.58■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AC117500.2-201ENST00000508145 1561 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms