Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 SLK-201ENST00000335753 7673 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 KCNC1-202ENST00000379472 7965 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 HECTD1-201ENST00000399332 9134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 EIF4G3-205ENST00000400422 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.83□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.83□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.83□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC13.83□□□□□ -0.19
HOXD3P31249 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC13.83□□□□□ -0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms